Если при распределении строк возникла грубая разница, можно скорректировать разницу менее 1 евро с помощью функции "Корректировка сумм".

Эту функцию можно активировать, выбрав Общая информация -> Настройки счета-фактуры -> Настройки счета-фактуры на покупку.

При необходимости суммы можно также скорректировать вручную, выбрав Действия -> Дополнительные данные. В дополнительных данных можно изменить как сумму НДС, так и стоимость, т.е. брутто-сумму.