Найти аннулированный счет-фактуру можно с помощью детального поиска, в котором можно указать параметр Удаленные.

NB! Есть возможность восстановить удаленный счет-фактуру. Откройте счет-фактуру, выберите Действия-> Восстановить, после чего счет-фактура вернется в список Счета-фактуры на покупку.